O cenário é um mundo paralelo ao Fate / stay night onde o Grande Graal desapareceu misteriosamente de Fuyuki após a Terceira Guerra do Santo Graal. Depois de muitos anos de silêncio, ao mesmo tempo que a Guerra do Santo Graal teria acontecido, a Yggdmillennia, uma família de magos, declara abertamente a sua separação da Associação Mage e que estão em posse do Graal. A Associação envia cinquenta magos para recuperá-lo, e todos menos um são instantaneamente abatidos por um misterioso Servo. O restante consegue ativar o sistema de reserva do Grande Graal, permitindo a convocação de quatorze Servos no total.
Apocrypha: A Grande Guerra do Santo Graal
Décadas depois de o Graal Maior ter sido roubado de Fuyuki, a Associação dos Magos pede que Shishigou participe da Grande Guerra do Santo Graal.
A partida do santo
Apesar de ter dúvidas quanto à forma como foi convocada, Ruler segue para o campo de batalha em Trifas, Romênia, para supervisionar a guerra.
Os primeiros passos do destino
Um garotinho tenta fugir depois de acordar dentro de um tanque. Quando ele perde as forças, Rider Negra aparece para salvá-lo.
O custo da vida e a redenção da morte
Berserker Vermelho se aproxima do forte da Facção Negra. O clã Yggdmillennia e seus criados aproveitam a chance para agir.
A voz que vem do alto
Sabre Negro desaparece depois de dar seu coração ao garotinho. Ruler jura fazer o possível para conseguir a liberdade dele.
O cavaleiro da rebelião
Acreditando que um Servo poderia estar por trás dos assassinatos terríveis que apavoram a Romênia, a Associação dos Magos manda Kairi para investigar.
Onde a liberdade se encontra
Fiore enfrenta Shishigou depois de viajar para Sighișoara em busca da Assassin Negra. Diante do perigo, alguém conhecido corre para o lado dela.
O começo da guerra
Começa uma nova fase da Grande Guerra do Santo Graal, quando os Negros e Vermelhos se enfrentam com tudo. Ruler e Sieg seguem para o campo de batalha.
As 100 labaredas e 100 flores
No furor das batalhas, Rider Vermelho descobre quem é o Archer Negro, e o obriga a enfrentar seu antigo mestre.
Como pétalas ao vento
Sieg enfrenta um inimigo formidável para proteger Rider Negra, que o salvou. Logo, o Berserker Negro se junta a ele, mesmo fraco.
Esplendor eterno
A batalha entre os Lancers Vermelhos e Negros fica mais acirrada, mas eles continuam num impasse. Assistindo, Darnic bola um plano para conseguir o que quer.
O retorno triunfante do santo
Ruler e a Facção Negra correm para os Jardins Suspensos atrás da Facção Vermelha, que agora está com o Graal Maior.
O último mestre
Sieg admite não poder desistir de seu desejo de ajudar seus semelhantes, e o Rider Negro dá total apoio a ele.
Oração de salvação
Apesar da cega admiração de Roche por Avicebron, o Caster Negro revela a Roche seus motivos mais íntimos para aderir à Facção Negra.
Nossos caminhos divergem
Para deter Shiro e se antecipar ao clã Yggdmillennia, Fiore propõe um ataque conjunto aos Jardins Suspensos com Sisigou e outros.
Jack, o Estripador
Com o reaparecimento do misterioso Jack, o Estripador, Fiore arma um plano para encurralar o assassino em série.
Traumerei
Ao andarem pela cidade na esperança de atrair Jack, o Estripador, Sieg e Jeanne observam as pessoas e conversam sobre o que é ser humano.
Do inferno
Arrastada para um pesadelo de Jack, o Estripador, repleto de crianças perdidas e abandonadas, Jeanne toma uma séria decisão que dará paz às almas penadas.
O último amanhecer
Os Jardins Suspensos estão ficando fora do alcance e a batalha final se mostra cada vez mais inevitável. Caules obriga Fiore a tomar uma decisão.
Elegância no céu
A aliança Yggdmillennia cuida dos preparativos finais para atacar os Jardins Suspensos. Jeanne relembra Sieg do poder que ele guarda dentro de si.
Tiro de escorpião
Chiron enfrenta seu ex-discípulo, Aquiles, em uma luta corpo a corpo. Ao atacar os Jardins Suspensos com Astolfo, Sieg toma uma séria decisão.
Reencontro e separação
Furiosa e incapaz de perdoar a Ruler pelo que ela fez com os filhos de Jack, o Estripador, Atalanta a desafia em uma batalha mortal.
Muito além
Um impiedoso ataque de Assassin deixa Kairi e Mordred com ferimentos graves. Shakespeare conduz Jeanne em uma dolorosa jornada por seu passado.
A guerra do Santo Graal
Shiro declara estar com a Terceira Mágica e que agora já pode “salvar o mundo”, mas Jeanne discorda.
Apocrypha
Shiro e Assassin fazem as pazes ao verem o mundo em ruínas. O jovem Sieg toma uma difícil decisão na tentativa de mudar o curso do destino.
